В 1920 г. у В.Н. Никитина была приобретена зоологическая коллекция, собранная им в 1912 г. во время поездки в Германскую Восточную Африку, в том числе две тушки гамбийских хомяковидных крыс Cricetomus gambianus. С 1930 по 1950 годы были закуплены тушки млекопитающих у Д.Б. Красовского (сборы с Кавказа), А. Пичугина (г. Вольск Саратовской области), А.А. Слудского (Сибирь), Е.П. Спангенберга (средняя полоса России, Кавказ, Средняя Азия), общим числом более 500 экземпляров.

Основная и наиболее ценная часть коллекции тушек — коллекция известного териолога и зоогеографа, профессора А.П. Кузякина, содержащая все без исключения виды отрядов рукокрылых, насекомоядных и грызунов фауны бывшего СССР, а также фрагменты фауны Китая и фауны США по данным группам млекопитающих. Особенно та ее часть, которую сам владелец называл «Эталонной коллекцией А.П. Кузякина». Материал с территории США, среди которого встречаются и довольно старые экземпляры, датированные 1891 — 1923 годами, был получен путем научного обмена с американскими коллегами териологами. Экземпляры этой коллекции отличаются великолепным качеством препаровки и научного этикетажа, а также точностью определения. В коллекции серийно представлен материал по таким редким видам, как белобрюхий стрелоух, широкоухий складчатогуб, сибирский трубконос, пегий путорак, большеухая и гобиалтайская полевки, полевка Шелковникова, закаспийская, дагестанская, снежная и памирская полевки, хомячок Роборовского, селевиния. Лучше других в коллекции представлена фауна Кавказа, Дальнего Востока и Московской области. Очень ценен материал из Китая (125 экземпляров), крайне немногочисленный в мировых коллекциях.

Значительное число экземпляров коллекции послужило эталонами для изображений на цветных таблицах, выполненных художниками-анималистами Н.Н. Кондаковым и О.Ф. Хлудовой при подготовке издания «Определитель млекопитающих СССР» (Н.А. Бобринский, Б.А. Кузнецов, А.П. Кузякин, 1965 г.). Поэтому эталонная коллекция А.П. Кузякина хранится отдельным блоком в том виде, в каком поступила в музей. Коллекция имеет большую научную ценность. К материалам коллекции нередко обращаются специалисты териологи из различных научных учреждений России.

В настоящее время коллекция пополняется за счет эпизодических полевых сборов сотрудников музея на территории России. Так в период с 1983 по 1998 годы материал собирался П.В. Богдановым, И.Л. Костиной, В.В. Конторщиковым, С.А. Мечниковой, Е.В. Нестеровым, А.А. Прокудиным, А.С. Рубцовым. В этом году таксидермистом музея К.А. Воронковой было изготовлено более 50 тушек из старых сырьевых материалов собранных в 70-х годах в Монголии В.В. Кожемякиным (тушканчики, песчанки) и Л.Г. Кисленко в Новосибирской области (различные виды мышевидных грызунов).

В составе коллекции хорошо представлены экзотические группы птиц, такие как танагры, касики, колибри, райские птицы, редко встречающиеся в собраниях отечественных естественнонаучных музеев.

В 80-е годы была приобретена часть коллекции тушек птиц А.П. Кузякина, собиравшаяся параллельно с коллекцией тушек мелких млекопитающих и использовавшаяся на зоологических практикумах со студентами и аспирантами Московского Областного Педагогического института им. Н.К. Крупской. Эта коллекция кроме видов фауны территории бывшего СССР содержит ряд экземпляров интересных видов фауны Китая, собранных А.П. Кузякиным во время преподавательской деятельности в университетах Китая в 1957 — 1958 гг.

В настоящее время коллекция активно пополняется за счет полевых сборов, осуществляемых силами сотрудников музея И.В. Фадеева и Е.В. Нестерова, ежегодно собирающих ценный научный материал на территории России. Кроме того, активно ведется научный обмен с американскими коллегами из музея имени Т. Бурка (университет штата Вашингтон, г. Сиэтл) и университетов г. Сент-Пол (Минессота) и г. Анкоридж (Аляска), в результате которого коллекция пополнилась 335-ю экземплярами тушек птиц североамериканской фауны. В последнее десятилетие сбор материала для пополнения коллекции тушек сопровождается взятием проб тканей для проведения генетического анализа, что значительно повышает научную ценность коллекции.